A UFPR participou pela primeira vez da Maratona de Programação em 2006 com as equipes Triforce, composta pelos alunos Raphael Ribas, Bruno Ribas e Chauã Queirolo (André Guedes, coach), e Cheaters, composta por Rubisley de Paula Lemes, Maurício Pamplona Segundo e Mauricley Ribas de Azevedo (Luciano Silva, coach).
Curitiba não sediou a fase regional naquele ano. Assim, as equipes viajaram para Florianópolis-SC para participar. Com 3 problemas resolvidos, a equipe Triforce conseguiu a segunda colocação, perdendo apenas para uma equipe da FURB, que se classificou para a final nacional. A equipe Cheaters resolveu dois problemas e conquistou a sétima colocação.