O Programa de Pós-Graduação da UFPR possui os seguintes grupos de pesquisa distribuídos dentre as linhas:
Inteligência Computacional
ARG
- Algoritmos
Pesquisadores: André Guedes, André Luís Vignatti* e Renato Carmo
IMAGO
- Grupo de Pesquisa em Visão Computacional, Computação Gráfica e Processamento de Imagens
Pesquisadores: Luciano Silva e Olga R. P. Bellon
LIAMF
- Inteligência Artificial e Métodos Formais
Pesquisadores: Fabiano Silva, Leticia Mara Peres*, Luis Allan Kunzle e Marcos A. Castilho
C-Bio
- Computação Bioinspirada, Meta-heurísticas e Aprendizagem de Máquina
Pesquisadores: Aurora R. Pozo e Eduardo J. Spinosa*
LIC
- Sistemas Tutores Inteligentes
Pesquisadores: Alexandre I. Direne e Andrey Ricardo Pimentel*
VRI
- Visão, Robótica e Imagens
Pesquisadores: Daniel Weingaertner, Eduardo Todt* e Luiz Eduardo S. Oliveira
Tecnologia da Informação
BD
- Banco de Dados
Pesquisadores: Carmem S. Hara
BDGE
- Banco de Dados de Grande Escala
Pesquisadores: Eduardo C. de Almeida, Marcos S. Sunye e Maria Salete G. Vaz
FAES
- Fundamentos e Aplicações em Engenharia de Software
Pesquisadores: Andrey Ricardo Pimentel*, Leticia Mara Peres*, Marcos Didonet del Fabro*
C3SL
- Centro de Computação Científica e Software Livre - (Bibliotecas Digitais, Preservação Digital, Gerência de Sistemas de Larga Escala)
Pesquisadores: Alexandre I. Direne, Andrey Ricardo Pimentel*, Daniel Weingaertner, Eduardo C. de Almeida, Fabiano Silva, Laura S. García, Leticia Mara Peres*, Luis Allan Kunzle, Luis Carlos E. de Bona, Marcos A. Castilho, Marcos Didonet del Fabro, Marcos S. Sunye e Maria Salete Marcon G. Vaz
GrES
- Engenharia de Software
Pesquisadores: Sílvia R. Vergilio
IHC
-Interação Humano-Computador
Pesquisadores: Laura S. García
Redes e Sistemas Distribuídos
LARSIS
- Computação Distribuída, Redes de Computadores e Tolerância a Falhas
Pesquisadores: Andrea Weber*, Elias P. Duarte Jr. e Luis Carlos E. Bona
NR2
- Gerenciamento de Redes de Computadores, Sistemas Distribuídos, Redes Sem Fio, Segurança, Modelagem e Análise de Desempenho
Pesquisadores: Aldri Luiz dos Santos, Luiz Carlos P. Albini, Michele Nogueira Lima
Sistemas Embarcados, Hardware e Software para SEs, Sistemas de Tempo Real
Pesquisadores: Eduardo Todt*, Luis Allan Kunzle, Marcio Seiji Oyamada* e Roberto A. Hexsel
( * ) - Docentes que não podem orientar doutorado.